Esta sencilla basílica prerrománica está considerada como la iglesia en pie más antigua de España; un edificio del siglo VII, arquitectura visigoda de la cual no quedan muchos ejemplos y es por eso que este es uno de los monumentos más reconocidos. Al hablar de su origen se unen historia y leyenda de la mano del rey Recesvinto, quien la manda construir en honor a San Juan Bautista (año 661 d.C.) muy agradecido tras recobrar la salud con el agua del manantial situado en las inmediaciones de la iglesia.

El edificio que hoy es la basílica de San Juan de Baños, no es el mismo que se construye en el s.VII, ya que la planta original tenía una cabecera en forma de tridente con 3 capillas separadas entre sí por espacios intermedios. En el s.XIV esos huecos intermedios se convierten en 2 nuevas capillas, dando lugar a una cabecera con 5 espacios como capillas. Con el tiempo, se perderán los muros más exteriores dando lugar a la estructura del edificio actual. En el exterior se pueden apreciar detalles por donde estarían las capillas desaparecidas. Los avatares del tiempo hacen que en el s.XIX este lugar estuviera muy deteriorado, por lo que se interviene y recompone dando lugar al edificio que ha llegado hasta nuestros días