Su fundación se debe al rey Alfonso VII, en cumplimiento de una promesa que hizo en el cerco de Coria. Para este proyecto, el rey trajo en 1142, desde la abadía de Berdoues en Gascuña (Francia), una comunidad de monjes cistercienses, con su abad Rodulfo, En un principio se alojaron en un paraje llamado Cántabos municipio de Fuentelmonge. El lugar elegido tenía escasez de agua y se decidió un traslado a las tierras cercanas al río Jalón, que se llevó a cabo en 1162.
Curiosamente en 1833, con arreglo a la Desamortización de Mendizábal, fueron expulsados los monjes y sólo quedó la iglesia como parroquia. Enrique de Aguilera y Gamboa, marqués Cerralbo, hizo un estudio exhaustivo de todo el monumento, haciéndose cargo de dar a conocer toda la historia y el inventario de las obras de arte. Gracias a su labor, este monasterio pudo salvarse de la ruina total. En 1882 fue declarado monumento nacional.