En 1603, el Papa Clemente VIII dispensó desde Roma la bula para que este templo fuera declarado iglesia colegial: la Colegiata de San Pedro.
De su interior destaca la estatua orante del tío del duque, Don Cristóbal de Rojas y Sandoval, realizada en bronce por Juan de Arfe, además de los dos órganos construidos por Diego de Quijano, organero mayor de Felipe III y que datan de 1615 y 1617, y una impresionante mesa “taraceada”, formada por innumerables trozos de piedras de diferentes colores y texturas, regalo del Papa Paulo V.